La flore ou microbiote intestinal est l'ensemble des microorganismes (principalement des bactéries) qui colonisent notre tube digestif. Un être humain héberge 1014 bactéries dans son tractus digestif soit dix fois plus que de cellules eucaryotes. Le microbiote est adapté à son environnement et il existe une relation étroite de mutualisme entre microbiote et hôte. Plus de 70% des bactéries qui composent le microbiote intestinal ne sont pas cultivables par les méthodes classiques. Ces dernières années, l'avènement de la biologie moléculaire a permis l'analyse plus complète du microbiote intestinal et la description de sa grande diversité, en s'affranchissant des limites de la culture. Le microbiote intestinal représente une biomasse importante possédant de grandes capacités fonctionnelles dont l'hôte bénéficie largement, le faisant considérer par certains comme un « organe caché ».
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