Les maladies inflammatoires de l'intestin sont caractérisées par l'atteinte inflammatoire de segments du tube digestif ; Les lésions macroscopiques, induites par cette inflammation sont responsables de manifestations cliniques, variables d'un patient à l'autre, suivant leur localisation. Dans la maladie de Crohn (MC), les lésions sont le plus souvent segmentaires avec une atteinte fréquente de l'iléon et/ou de segments coliques. Une atteinte de la région anale est également possible. L'histoire naturelle de la MC est marquée par l'apparition de complications, à type de sténoses et de fistules nécessitant généralement de recourir à la chirurgie. Ainsi, le risque de résection intestinale au cours de la MC est élevé, concernant plus de la moitié des malades.

Des progrès majeurs ont été réalisés au cours des deux dernières décennies dans la compréhension et la prise en charge des maladies inflammatoires de l'intestin (MICI) : - Des progrès en génétique, avec l'identification de plus de 160 gènes de susceptibilité, permettant de souligner le rôle de l'immunité innée et de l'épithélium, révélant le rôle de voies de l'inflammation jusqu'alors peu connues ou négligées telles que l'autophagie ou le stress du réticulum endoplasmique, et surtout l'importance de l'interaction entre l'hôte et le microbiote intestinal, - Des progrès en microbiologie, avec l'analyse du microbiote intestinal par de nouveaux outils moléculaires, révélant une dysbiose et notamment une diminution de la diversité microbienne, - Des progrès en thérapeutique, avec les traitements anti-TNF et l'avènement récent ou à venir de nouvelles biothérapies. Malgré ces avancées, on explique mal l'augmentation de l'incidence des MICI dans le monde, vraisemblablement liée à des facteurs environnementaux que nous ne parvenons pas à identifier.