Le microbiote intestinal constitue un écosystème complexe dont l'impact sur la santé de l'Homme est aujourd'hui reconnu. Le tube digestif héberge des êtres unicellulaires comme des bactéries mais aussi des virus, des champignons et des archaea. Parmi tous ces micro-organismes, les bactéries forment le groupe le plus représenté. On considèrera donc que les données se référant au microbiote intestinal concernent les bactéries qui colonisent notre tube digestif.