Le tube digestif humain héberge environ 100 000 milliards de bactéries. Trois grandes catégories, les Bacteroidetes, Firmicutes et Actinobacteria, représentent plus de 90 % de l'ensemble de ces bactéries et dominent le microbiote intestinal des sujets en bonne santé. Cependant, la composition de ce microbiote est très diversifiée et variable au niveau des sous-catégories (genre et espèce) entre les patients. En effet, le développement du séquençage de nouvelle génération a mis en évidence que le microbiote intestinal abrite entre 1 000 et 1 150 espèces bactériennes différentes au sein de la population, chaque individu hébergeant au moins 160 espèces.