Les mycobactéries non tuberculeuses n’étant pas des pathogènes stricts de l’homme, seules quelques-unes peuvent être responsables de réelles infections. La première étape après isolement d’une mycobactérie est de rechercher la présence des critères d’infection. Une fois le diagnostic établi, il faut décider de traiter ou non. Le traitement repose classiquement sur l’association d’au moins trois antibiotiques pour une durée de 12 mois après négativation des cultures. L’antibiogramme en dehors des infections à M. abscessus n’est pas systématique.